問題分析：你好，先性質(zhì)不同，卵巢囊腫是腫瘤，巧克力囊腫是一種疾病。。第二，癥狀不同。卵巢囊腫一般有尿頻，但無尿痛、尿急，或有便秘；自覺小腹增大，褲腰緊小。巧克力囊腫表現(xiàn)為痛經(jīng)，性交痛，不孕，囊壁潰破引起腹膜炎。兩者可合并出現(xiàn)。

意見建議：建議治療上兩者在無癥狀時，都是隨訪，定期體檢；有明顯癥狀，均采取手術(shù)治療。值得注意的是治療巧克力囊腫，一定要注意防止復(fù)發(fā)。